印度佛教前期
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阿旃陀石窟壁畫中的蓮花手菩薩
大乘经如《妙法蓮華經》中[50]，记载了佛在世时讲大乘法会，一些声闻无法理解信受甚至中途退出。漢傳還記載有印度傳說稱，佛灭后众弟子在王舍城外灵鹫山七叶窟結集界内外會誦经典，界内講堂中進行的结集，名“上座部結集”，在二十餘里外進行的界外结集，名“大众部結集”，原意指此派僧人众多，後來有人將其引申為能运载无量众生到达菩提之彼岸，成就佛果。
佛教部派分裂最初起源于佛滅一百年之後，因“十事非法”之争，形成印度東部僧團與西部僧團間的嚴重分歧，但未决裂。后于阿育王时期，因“大天五事”，彻底公开决裂為大众部与上座部，史稱根本分裂。在被誉为轉輪聖王的阿育王所處的前3世纪时代，佛教迅速发展，九批比丘被派往周围各地弘法，推动佛法传播的同时，不同地区的社会人文传统及人的根性的不同，和对戒律的认识上的细小差别，导致了各个部派的进一步分裂。此後佛教在三百多年间一再分立出各种流派，如南传分派的十八部，北传分派中的二十部，并在五天竺境内外流传开来。
在學術研究中，基於對多種來源的史料所進行的分析，現在一般傾向於認為，大乘佛教教义中很重要的一个思想是众生平等，慈悲普度的理念，以反对婆罗门教森严的隔离的等级种姓制度。近代出土的阿育王石刻文等中，强调了慈悲戒杀，慈善环保，不分贵贱、种族、国家的众生平等。阿育王本人在归依佛教后，其教化行动可视为带有大乘菩萨道行者的风范，大乘教法可能在阿育王时代就已有所流行并与部派佛教教法开始分化；限于当时社会根深蒂固的婆罗门教等级思想的环境之下，大乘佛法显然不易被接受与推行。
阿育王后，上座部分出一支在西印度形成法藏部并流入中亚，法藏部传为目犍連子帝須之大弟子昙无得所领导，昙无得为阿育王派往印度西北地区弘法的高僧，该部以傳承含有菩萨藏与咒藏的五藏而闻名。有一支形成了化地部，另一支饮光部有大部分同法藏部类似的思想。以西北印度为根据地，主要活动于犍陀罗和迦湿弥罗的上座部，形成了说一切有部，其宗師迦多衍尼子著《發智論》提出了“異生修道”的劃時代理論創新[51]。在中西部印度发展的上座部形成犊子部，因對《發智論》中一頌的釋義不同，而分裂為法上、贤胄、密林山和正量四部，以后正量部则成为犊子部的正宗代表。大约同时代，大众部在南印度形成了制多山部及西山住部等，即南傳佛教所稱的案达罗派。
上座部中的分別說部一支，经南印度而渡海进入僧伽羅国，其又称赤銅鍱洲，故此部派又称赤銅鍱部，后来经过分化形成了吸收大乘思想的无畏山寺派和堅持固有傳統的大寺派，无畏山派一度是斯里兰卡佛教中心。大約公元3世紀末時，大寺派指责住在無畏山寺的說大空部為非佛说，并最终借助王權力量将其彻底消灭。玄奘三藏在7世紀上半葉游学印度时，除僧伽羅國無畏山寺外，在印度佛教核心区域的摩揭陀国等四國，也有並學大乘教法的上座部伽藍，玄奘三藏称其为修學大乘上座部法。大寺派传往东南亚形成今天的南传佛教。有部份學者認為，古印度很多的部派都是大小乘兼修的，他们并不一定对自己派别大小乘教法进行限制，其下属可以修行大、小乘任何一种教法的，但他们必须遵守本部派的傳統戒律。
迦濕彌羅國的說一切有部在貴霜帝國迦膩色伽一世時著《大毘婆沙論》達到鼎盛，其中提出了「佛種性」和順解脫分理論。说一切有部中的譬喻师，不滿《大毘婆沙論》中對其進行的全面批判，而分立為经量部，它的活动范围似乎未超出西北印度。在貴霜帝國時期，大乘佛教逐漸興起，却不能说之前的就都是小乘佛教，如作為部派佛教理論权威的说一切有部，在傳說為其四大论师之一世友尊者所著的《异部宗轮论》等中，都有清晰记载。
印度佛教中期
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貴霜帝國時期的佛陀及協侍菩薩雕像
随着公元前后印度社会文化程度的提高，书面经典的大量出现，客观上为大乘教法的推广与普及奠定了社会文化基础。大乘佛教的經典甚多，漢傳分成五類，分別為般若門、華嚴門、方等門、法華門、涅槃門，稱五大部。《大般若經》、《華嚴經》、《大方等大集經》、《大寶積經》、《法華經》、《大般涅槃經》等經典。
此时，印度馬鳴菩薩、龙树等大乘菩萨纷纷出世。馬鳴写了很多论著如《佛所行讚》等，大乘佛教興盛超过了“小乘”成为了印度佛教的主流。龙树著《中论》、《大智度論》、《十二門論》、《十住毘婆沙論》等，有弟子提婆著《百論》，大乘佛教更兴，建立了般若中觀學派。
其后又有印度僧人无著、世亲，依據《瑜伽師地論》创立“唯识论”，形成瑜伽行唯識學派，後有陳那、安慧、護法等十大論師及無性、法稱、月官等碩學，盛極一時。中觀學派則有清辨及佛護、月稱等，起而復興。
中观论和唯识论被认为是大乘佛学的两个主要理论基础，被稱為空有二宗[52]，唐義淨法師《南海寄归內法传》說：“所云大乘无过二种：一则中观，二乃瑜伽。中观则俗有真空体虚如幻，瑜伽则外无内有事皆唯识。”在印度南方，則有如來藏思想盛行，形成如來藏學派，後與唯識學派合流。
印度佛教晚期
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《理趣經》金剛薩埵五秘密法
佛教經論中對密意契經最早引述見於說一切有部《發智論》[53]，無著《集論》認為需要對其進行秘密抉擇[54]。在笈多王朝時期，大乘佛教在吸收婆罗门教和当时新兴的怛特羅密教咒语、手印、宗教仪規和瑜伽术身体训练方法的基础上，创造了一套极富神秘主义色彩的宗教实践方式，就是密宗，在波羅王朝時達到極盛。它采取师徒秘密传授制度，要得到上师的入坛灌顶，受法修行直至最終成为有傳法資格的阿阇梨。唐朝时期由善无畏、金刚智和不空三藏將胎藏界和金刚界密法傳入中国稱為唐密，它可分成三个部分，就是杂部，纯部，瑜伽部。相对于密乘，日本弘法大师空海，把密教和大乘佛教的理论部分称之为“显乘”。最后產生的“无上瑜伽密教”于西藏佛教前弘期傳入其中。
而後來，出現了秘密大乘佛教，或稱“金刚乘”或者“密乘”。由於密教和婆羅門改良後的印度教界限的混同，甚至流行主要尊崇婆罗门诸神，稱作佛菩萨的權化，而不再把佛菩萨作为主尊，再加上印度的僧人們受到性力派外道影響，開始提倡歡喜法。[55]即為歡喜法。而後的密宗行者愈來愈逐漸怛特羅化、性力派化，根本與佛教的原始理論幾乎完全不合，也無法競爭到原本的婆羅門信徒，便注定了佛教在印度可有可无的命运。
向外傳播
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印度尼西亞東爪哇的般若佛母像
大乘佛教在兴起以后很快向外传播，一度成为中亚地区的主要宗教，即所谓的北傳佛教。北傳佛教主要由北方經絲綢之路向中亞、中國、朝鮮半島以及日本等地傳播的佛教流傳稱為北傳佛教，形成北傳佛教，其經典多以梵文为主、少数为中亞文字和中文。
公元前后的古印度，正是口颂佛经书面化的时代。几乎同时代中国开始的佛典翻译事业，是以皇室官方组织，严谨制度下的书面系统翻译。随着汉明帝打开官方迎请佛教的大门，随后数百年间，天竺、西域与中原各地传经、取经之高僧络绎不绝，鸠摩罗什、法显、真谛等，都是通宗通教，具足神通的证果圣者。到了唐朝的玄奘法师遍参天竺数十国取经，并在大小乘各派均取得最高成就圆满归唐后，著《成唯識論》，印度佛教各派主要经典之后都渐翻译到了汉地。此时的东土漢傳佛教，各大宗派纷纷成熟，高僧辈出，更有菩提达摩教外別傳至六祖惠能著《壇經》，从教理研释证悟到民间百姓的广泛传弘，大乘佛教在中国的实践与隋唐盛世交相辉映。世界佛教的中心也渐转移到了中国，并进而传播影响到朝鮮半島、日本、越南、西藏等地。而印度佛教此后则日趋没落而消亡了。目前，中国翻译收集的佛教典藏是最全面、系统和完整的。
另一个方向上，晚些时候，大乘佛教混合了怛特羅派咒法传入尼泊尔、西藏境内，和当地的苯教信仰相结合，形成了显密并重的藏传佛教。西藏的佛教始於松贊干布時期由毗俱底公主自尼泊爾和唐朝文成公主自中国传入。在赤松德贊时期，印度佛教僧侶寂護將隨瑜伽行自續派傳入西藏，並請蓮花生大士來到西藏，制服了本地原始苯教，逐漸建立了密教的基礎。後在朗達瑪滅佛破壞後重新振興，並逐漸形成了寧瑪派、薩迦派、噶舉派、噶當派、格魯派、覺囊派等各派的傳承。在宗喀巴大師創格魯派，成為藏傳佛教的主流後，他的門徒們在西藏出現了政教合一特殊局面，並有達賴、班禪兩位政教合一的活佛開始統治西藏。13世紀，開始流傳於蒙古地區，至今，蒙古族、土族、裕固族等民族，仍多信奉藏傳佛教。藏傳佛教屬於大乘的金剛乘（也有學者認為金剛乘應該獨立於大乘或小乘），顯教、密法同修。近現代，藏傳佛教逐漸流傳到世界各地。